"גן החמלה והאהבה" הוא בית מחסה למרגלות ההימלאיה שהקים הנזיר הבודהיסטי לובסאנג פונטסוק. לובסאנג היה תלמידו של הדלאי לאמה, אך לאחר שמונה שנים בארה"ב הוא עזב את עמדתו המכובדת על מנת להגשים את החלום שלו – להקים בית מחסה לילדים יתומים ועזובים בהודו. הסרט עוקב אחרי טאשי בת החמש, ילדה טרודה ופרועה שנאבקת למצוא את מקומה בבית המחסה. לובסאנג שעבר בעצמו ילדתו אומללה, מנתב את הסבל שעבר לנתינה ואהבה ללא תנאים לכל הילדים וטאשי. אך האם בכוחה של האהבה והחמלה לרפא את כאבה של טאשי?